Wybe Kooijmans ontving zijn eerste pianolessen op 8-jarige leeftijd van de organist Rutger van Mazijk. Een aantal jaren later ver-wisselde hij de piano voor het orgel en kreeg hij op de Verenigde Muzieklycea in Hilversum les van Haite van der Schaaf, die hem tevens voorbereidde op zijn toelatingsexamen voor het Sweelinck Conservatorium in Amsterdam. Hier werd Bernard Bartelink zijn leraar. Hierna volgde hij enige malen de masterclass voor interpretatie van de beroemde Franse organist Jean Guillou. Talloze raadgevingen van een oud-registrant van de organist Feike Asma sloeg hij niet in de wind. In 1987 volgde een aanstelling als -toen nog- één van de organisten van de Grote Kerk te Naarden; inmiddels is hij er hoofdorganist. Op het monumentale Witte-orgel (1862) van deze kerk maakte hij meerdere cd-opnames. Wybe Kooijmans geeft regelmatig orgelconcerten in Nederland. Wybe concerteerde in Tsjechië, Duitsland, Frankrijk, Engeland, Canada en Rusland, alwaar hij het orgel van de Philharmonie te Novosibirsk inwijdde. Voorts heeft hij veel ervaring opgedaan als begeleider van vele koren en solisten. Hij is als repetitor verbonden aan het koor van de Nederlandse Händelvereniging en aan het Concertkoor Baarn. Tevens maakte hij enige jaren deel uit van de werkgroep “Zingend Geloven” en publiceerde hij enkele koraalbewerkingen voor orgel.